補發工資時計算個人所得稅的辦法：將已發工資與補發的工資數進行平均，計算出每月的工資，之后將實際發放當月的工資總額(包括補發的工資)作為應稅收入額，按照百分之三至百分之四十五的超額累進稅率來計稅。

法律依據：

《《中華人民共和國個人所得稅法》》第二條

下列各項個人所得，應當繳納個人所得稅：

(一)工資、薪金所得;

(二)勞務報酬所得;

(三)稿酬所得;

(四)特許權使用費所得;

(五)經營所得;

(九)偶然所得。

《《中華人民共和國個人所得稅法》》第三條

個人所得稅的稅率：

(一)綜合所得，適用百分之三至百分之四十五的超額累進稅率;

(二)經營所得，適用百分之五至百分之三十五的超額累進稅率;

(三)利息、股息、紅利所得，財產租賃所得，財產轉讓所得和偶然所得，適用比例稅率，稅率為百分之二十。

《《中華人民共和國個人所得稅法》》第六條

應納稅所得額的計算：

(一)居民個人的綜合所得，以每一納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除后的余額，為應納稅所得額。