認定醫療事故罪的證據有門診及住院病歷、化驗單、處方等書證；藥品等物證；證人證言；被害人陳述；犯罪嫌疑人、被告人供述和辯解；以及鑒定意見等證據。但證據必須是依法收集的，且經查證屬實。

二、醫療事故罪的界定

（一）醫療事故罪與醫療差錯的界限

醫療差錯，是指在診療護理工作申，醫務人員雖有違反規章制度、診療護理常規的失職行為或技術過失，但未給就診人造成死亡、殘廢、組織器官損傷導致功能障礙的不良后果的行為。醫療差錯，從產生的原因區分，可以分為醫療責任差錯和醫療技術差錯。其中，醫療責任差錯與醫療事故罪容易混淆，二者都表現為醫務人員在診療護理工作中不負責任，違反規章制度或診療護理常規的行為。區別在于所造成的后果不同。前者未造成就診人死亡、殘廢、組織器官損傷導致功能障礙的不良后果；后者則造成了就診人死亡或身體健康嚴重損害的后果。對于醫務人員由于嚴重不負責任，造成醫療差錯的，不能以醫療事故罪論處。

（二）醫療事故罪與醫療意外的界限

醫療意外，是指由于病情或者病人體質特殊而發生難以預料和防范的不良后果。它與醫療事故罪都可能發生就診人死亡或身體健康嚴重損害的后果，二者區別的關鍵在于主觀上有無過失。如果就診人死亡或身體健康嚴重損害，是因醫務人員責任心不強，違反規章制度或診療常規造成的，則構成醫療事故罪，如上述后果是因醫務人員難以預料或難以防范的因素所引起，由屬于醫療意外，不能以犯罪論處。醫療意外與醫療事故罪中的疏忽大意過失頗為相似，二者不但都發生了嚴重后果，而且對嚴重后果的發生都沒有預見。二者的區別在于，疏忽大意過失對嚴重后果的發生是應當預見而沒有預見，醫療意外是對嚴重后果的發生是難以預見而沒有預見。

（三）醫療事故罪與醫療技術事故的界限

國務院的相關規定將醫療事故劃分為，醫療責任事故和醫療技術事故，醫療責任事故是指醫務人員因違反規章制度、診療護理常規等失職行為所致的事故。醫療技術事故是指醫務人員因技術過失所致的事故。區別關鍵在于造成事故的原因是失職行為還是技術失誤。《中華人民共和國刑法》將醫療事故罪限定為責任事故，醫務人員因技術過失所致事故，不構成犯罪。